Свое общее название троянские программы получили за сходство механизма проникновения в компьютер пользователя с описанным в эпизоды Илиады, рассказывающем о «Троянском коне» — дарёном деревянном коне, использованном для проникновения в Трою, что и стало причиной падения Трои. В Коне, подаренном в знак лже-перемирия, прятались воины Одиссея, ночью выбравшиеся из Коня и открывшие ворота основным силам объединенной греческой армии. Больша́я часть троянских программ действуют подобным образом — маскируется под безвредные или полезные программы, чтобы пользователь запустил их на своем компьютере. Считается, что первым этот термин в контексте компьютерной безопасности употребил в своём отчёте «Computer Security Technology Planning Study» Дэниэл Эдвардс, сотрудник АНБ.

Троянские программы распространяются людьми — как непосредственно загружаются в компьютерные системы злоумышленниками-инсайдерами, так и побуждают пользователей загружать и/или запускать их на своих системах. Для достижения последнего троянские программы помещаются злоумышленниками на открытые или индексируемые ресурсы (файл-серверы и системы файлообмена), носители информации, присылаются с помощью служб обмена сообщениями (например, электронной почтой), попадают на компьютер через бреши безопасности или загружаются самим пользователем с адресов, полученных одним из перечисленных способов. Иногда использование троянов является лишь частью спланированной многоступенчатой атаки на определенные компьютеры, сети или ресурсы (в том числе, третьи)